• изучать модифицированные нуклеотиды и другие характеристики нативной РНК,
• секвенировать молекулы РНК, которые плохо подвергаются обратной транскрипции.

Особенности набора

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор предназначен для работы с молекулами РНК, обладающими 3’-концевыми полиА –структурами — эукариотическими мРНК, полиаденилированными вирусными РНК или РНК, обработанными наборами для полиаденилирования. Для РНК без полиА-концов можно синтезировать пользовательские адаптеры, комплементарные 3’-концам (например, для тРНК или 16S-РНК).

В отличие от протоколов секвенирования кДНК, в случае использования набора Direct RNA Sequencing Kit происходит секвенирование нативных молекул РНК, только они проходят через поры проточной ячейки.

Стадия обратной транскрипции при пробоподготовке опциональна, но настоятельно рекомендуется — это повышает производительность секвенирования.

Набор Direct RNA Sequencing Kit незаменим в случае анализа модифицированных нуклеотидов. Если задача выявления таких нуклеотидов не ставится, рекомендуются наборы для секвенирования кДНК, так как они обеспечивают более высокую производительность.

• магнитные частицы Agencourt RNAClean XP (Beckman Coulter),
• обратная транскриптаза SuperScript III (Thermo Fisher Scientific, 18080044),
• ДНК-лигаза T4 в концентрации 2000 ед/мкл (New England Biolabs М0202),
• лигазный буфер NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer (New England Biolabs B6058),
• 10 мМ раствор dNTP (Thermo Fisher Scientific R0192),
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051),
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C),
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581),
• свежеприготовленный 70% этанол.

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018),
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG),
• магнитный штатив (Диаэм 3336),
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L),
• амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834),
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062),
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам,
• термоконтейнер со льдом,
• таймер (например, TR118OS),
• флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227).

Опционально:

• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100),
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).