• Анализ 3’-нетранслируемых областей и исследование альтернативного полиаденилирования,
• требуемое количество РНК — от 10 нг,
• можно использовать на деградированной РНК (например, из FFPE-образцов),
• методика включает стадию удаления глобиновой мРНК,
• анализ данных осуществляется на платформе Bluebee genomics с бесплатным доступом,
• можно секвенировать одновременно до 9216 образцов по методу одиночных прочтений.

Наборы QuantSeq 3’ mRNA-Seq предназначены для получения Illumina-совместимых библиотек из поли-А РНК. Протокол занимает около 4,5 часов.

Особенность методики — получение только одного фрагмента с одного транскрипта, что даёт возможность оценить уровень экспрессии с высокой точностью. При этом секвенируются последовательности в непосредственной близости от 3’-конца мРНК.

Наборы QuantSeq доступны как для транскриптов с прямой цепи (FWD), так и для обратной цепи (REV). Обе версии обеспечивают высокую специфичность по отношению к направлению цепи.

В состав набора QuantSeq REV входит олиго-дТ праймер, вводящий линкерную последовательность Read 1 в состав синтезируемой цепи. Этой последовательности комплементарен праймер CSP (Custom Sequencing Primer), входящий в набор и дающий последовательность, соответствующую кДНК. Библиотеки, полученные с помощью QuantSeq REV, можно секвенировать по методу парных прочтений (paired-end).

В состав набора входят магнитные частицы для очистки библиотек, что делает возможным автоматизацию процесса.

Мультиплексирование до 96 образцов обеспечивается с помощью индексов i7, входящих в набор. Дополнительно можно использовать набор индекcов i5 (каталожный номер 047), в итоге можно объединить в библиотеке до 9216 образцов.

В качестве стартового материала используется суммарная РНК, обогащение полиА-транскриптами происходит за счёт олиго-дТ праймеров.